Untuk mewujudkan world class civic university yang memiliki fokus pengembangan iptek dan seni berbasis perdesaan dan kearifan lokal sebagaimana dinyatakan dalam visi UNSOED 2020, maka dirumuskan misi sebagai berikut:

1. Menyelenggarakan pendidikan guna menghasilkan lulusan yang bermoral,  berwawasan kebhinekaan, memiliki kompetensi akademik yang memadai dan profesionalisme, keunggulan kompetitif, kemampuan kepemimpinan dan kewirausahaan yang berkeadilan sosial dan beradab, kemampuan memecahkan masalah, sertaberinovasi khususnya dalam pengembangan sumberdaya perdesaan dan kearifan lokal.
2. Menyelenggarakan penelitian untuk pengembangan ilmu serta alih teknologi yang relevan dengan pengembangan sumberdaya perdesaan dan kearifan lokal.
3. Menyelenggarakan pengabdian pada masyarakat yang berbasis hasil penelitian untuk pemberdayaan masyarakat perdesaan.
4. Mengembangkan tata kelola universitas yang mandiri dengan menerapkan budaya dan penjaminan mutu, prinsip transparansi, akuntabilitas, sertameritokrasi.
5. Mengembangkan kerjasama dalam pengembangan dan penerapan ilmu pengetahuan, teknologi dan atau seni pada tingkat lokal, nasional, dan internasional.