Sesuai dengan amanat yang tersurat dalam Pembukaan UUD 1945 dan desakan masyarakat Banyumas akan kebutuhan pendidikan tinggi, para pemimpin formal dan informal Banyumas menggagas perlunya didirikan perguruan tinggi/universitas di wilayah Banyumas. Sebagai tindak lanjut gagasan ini dibentuklah Yayasan Pembina Universitas Jenderal Soedirman dengan Akte Notaris No. 32 tanggal 20 September 1961. Selanjutnya, atas desakan masyarakat, dinas instansi, dan TNI, Yayasan Pembina Universitas Jenderal Soedirman berusaha mewujudkan berdirinya universitas. Dengan Surat Keputusan Presiden RI No. 195 tertanggal 23 September 1963, berdirilah Universitas Jenderal Soedirman secara resmi didirikan, dan diresmikan oleh Menteri PTIP Prof. Dr. Tojib Hadiwidjaja bertempat di rumah Dinas Residen Banyumas.

Pada awalnya UNSOED memiliki tiga fakultas, yaitu Fakultas Pertanian, Fakultas Biologi, dan Fakultas Ekonomi. Dalam perkembangannya, UNSOED membuka beberapa fakultas lagi, yaitu Fakultas Peternakan (1966), Fakultas Hukum (1982), Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (1993), Program Pascasarjana (1994). Pada tahun 2007, berdiri Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan serta Fakultas Sains dan Teknik.

Pada tahun 2014, terjadi perubahan organisasi, di mana Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan dikembangkan menjadi Fakultas Kedokteran dan Fakultas Ilmu-ilmu Kesehatan. Selain itu, Fakultas Sains & Teknik juga dikembangkan  Fakultas Teknik, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam serta Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Masih di tahun yang sama juga UNSOED juga membuka Fakultas Ilmu Budaya yang sebelumnya berada di bawah administrasi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik.

Kini, UNSOED menegaskan komitmennya sebagai perguruan tinggi yang diakui dunia sebagai pusat  pengembangan  sumberdaya  perdesaan dan kearifan lokal UNSOED saat ini juga telah, sedang dan terus mengembangkan kemitraan strategis dengan sesama perguruan tinggi, kalangan pebisnis, masyarakat dan pemerintah pusat/daerah untuk bersama-sama mengembangkan potensi yang ada dalam rangka meningkatkan peran dan aktualisasinya, sehingga kiprah ketridharmaannya dapat dirasakan kemanfaatannya bagi nusa, bangsa, negara dan nilai-nilai kemanusiaan.